El Centro de Nanociencia y Nanotecnología (CENCINAT) fue creado el 11 de julio de 2013 y su investigación se orienta al desarrollo de materiales avanzados (nanopartículas metálicas, nanofotocatalizadores, nanocompósitos, nanotransportadores de fármacos, nanopelículas híbridas, polímeros nanoestructurados, etc.) para aplicarlos en la industria de producción de energía, de fármacos, del agua, petrolera, de la defensa, agricultura y otras. 

La creación del CENCINAT ha permitido agrupar esfuerzos de varios departamentos e investigadores de la Institución a fin de trabajar en proyectos comunes. Esta sinergia ha resultado en el mejoramiento del nivel científico de la investigación y en consecuencia ha sido posible publicar en revistas internacionales con factores de impacto mayores a dos. De manera que, el nombre de la ESPE actualmente es más conocido en el país y en la comunidad científica internacional.

El Centro proporciona profesores y equipamiento para la Maestría de Investigación en Nanotecnología y servirá para que se incremente el número de investigadores en el Ecuador con una excelente formación académica y un alto nivel en investigación científica.   

En los últimos años el Centro de Nanociencia y Nanotecnología se ha convertido en un referente en investigación científica en el campo de la nanociencia y en sus aplicaciones en Ecuador y los proyectos tratan de resolver los problemas que tiene la sociedad ecuatoriana en seguridad ambiental, energética, biotecnológica y corporal.